Обязательно ли в договоре с контрагентом указывать, что документооборот будет осуществляется через ЭДО?
Может ли ФНС отказать в вычете по НДС, если УПД подписан простой или неквалифицированной ЭП без подписания Соглашения? 

Усиленная квалифицированная электронная подпись (далее - квалифицированная ЭП) - это электронная подпись, которая (ч. 4 ст. 5 Закона об электронной подписи):

• отвечает всем признакам усиленной неквалифицированной электронной подписи. В частности, она позволяет определить, кто подписал электронный документ, и проверить, вносились ли в него после подписания изменения (п. п. 2, 3 ч. 3 ст. 5 Закона об электронной подписи);
• имеет дополнительные признаки, которые свидетельствуют о более высокой степени ее защиты

Квалифицированная ЭП признается действительной (пока судом не установлено иное) и приравнивается к собственноручной, если одновременно соблюдены следующие условия (ст. 11 Закона об электронной подписи):

• квалифицированный сертификат создан и выдан удостоверяющим центром с действительной на день выдачи аккредитацией;
• такой сертификат действителен на момент подписания электронного документа или на день проверки действительности сертификата, если момент подписания документа не определен;
• срок действия ключа ЭП в квалифицированном сертификате не истек на момент подписания электронного документа (когда есть достоверная информация о таком моменте) или на день проверки КЭП, созданной с использованием данного ключа ЭП, если момент подписания электронного документа не определен;
• владельцу квалифицированного сертификата принадлежит квалифицированная ЭП, с помощью которой подписан документ, и после подписания в документ не вносились изменения.

Не признавать квалифицированную ЭП действительной, если соблюдены все эти условия, недопустимо. Участники электронного взаимодействия не вправе устанавливать иные ограничения. Операторы государственных и муниципальных информационных систем, информационных систем, использование которых предусмотрено нормативными правовыми актами, информационных систем общего пользования не могут требовать, чтобы квалифицированный сертификат содержал информацию, не являющуюся обязательной (ч. 2 ст. 10, ч. 2.1 ст. 17 Закона об электронной подписи).

Квалифицированная ЭП используется очень широко. Прежде всего, ее необходимо использовать во всех случаях, когда этого требуют нормативные правовые акты.

Даже когда есть возможность выбрать другую ЭП, многие организации предпочитают использовать квалифицированную (например, в межкорпоративном электронном документообороте). Это позволяет п. 1 ст. 4 Закона об электронной подписи.

Квалифицированную ЭП необходимо использовать, когда вам нужно:

1. подать электронные документы в государственные органы, например, в налоговые органы
2. подписать электронные счета-фактуры (п. 6 ст. 169 НК РФ).

Электронные УПД можно выставлять, если стороны согласны на их электронный обмен и имеют для этого совместимые технические средства.

УПД со статусом "1" является одновременно и первичным документом, и счетом-фактурой. А электронный счет-фактуру в общем случае можно выставлять только по взаимному согласию сторон при наличии у них технических средств. Исключение составляют счета-фактуры по реализации товаров, подлежащих прослеживаемости. Электронная форма для таких счетов-фактур в основном обязательна (п. п. 1, 1.1 ст. 169 НК РФ).

Согласие на выставление электронного УПД можно оформить по аналогии с согласием на выставление электронных счетов-фактур: оговоркой в договоре, отдельным соглашением, путем обмена письмами или иным удобным для вас способом.

Электронный УПД выставляется в том же порядке, что и электронный счет-фактура. Для этого требуется:

1. сформировать УПД для отправки покупателю;
2. подписать:
   усиленной квалифицированной электронной подписью уполномоченного продавцом лица (для УПД со статусом "1"). Подпись главного бухгалтера не требуется (п. 8 Правил заполнения счетов-фактур);
   электронной подписью лица, ответственного за оформление операции (независимо от статуса УПД);
3. отправить подписанный УПД покупателю через оператора ЭДО или уполномоченный орган (при использовании ЕИС).

Такой порядок установлен:

• п. п. 6, 9 ст. 169 НК РФ;
• п. 14 Порядка выставления и получения счетов-фактур в электронной форме;
• Форматом, утвержденным Приказом ФНС России от 19.12.2023 N ЕД-7-26/970@.

Электронный УПД, как и бумажный, выставляйте при совершении операции, а если это невозможно, то непосредственно после ее совершения. Такой срок установлен для составления первичного документа, а УПД является в том числе первичным документом (ч. 3 ст. 9 Закона о бухгалтерском учете, Приложение N 2 к Письму ФНС России от 21.10.2013 N ММВ-20-3/96@). Поскольку срок составления первичных документов меньше, чем срок выставления счета-фактуры, то, чтобы не нарушить законодательство, нужно ориентироваться на меньший срок.

Как покупателю получить электронный УПД

После того как электронный УПД поступил от продавца, покупателю нужно:

1. сформировать дополнительные сведения к УПД, включающие сведения покупателя об оформляемой сделке (блок информации для покупателя в УПД);
2. подписать УПД:
   усиленной квалифицированной электронной подписью лица, ответственного за оформление факта хозяйственной жизни (для УПД со статусом "1");
   электронной подписью лица, ответственного за оформление операции (для УПД со статусом "2");
3. отправить подписанный УПД продавцу через оператора ЭДО или уполномоченный орган (при использовании ЕИС).

Такой порядок установлен:

• пп. 6, 7 п. 2, п. 5 ст. 9 Закона о бухучете;
• п. 19 Порядка выставления и получения счетов-фактур в электронной форме;
• Форматом, утвержденным Приказом ФНС России от 19.12.2023 N ЕД-7-26/970@.

Законодательством срок подписания покупателем электронного УПД (в том числе УПД, которые составляют по операциям с прослеживаемыми товарами) не установлен. Как правило, срок, в течение которого покупатель должен осмотреть и принять товар (осмотреть и принять результат выполненной работы, принять услугу) и подписать документы, покупатель и продавец определяют сами и прописывают в договоре (п. 2 ст. 513, п. 1 ст. 720, ст. 783 ГК РФ).

Срок подписания электронного УПД также можно закрепить в соглашении об электронном документообороте с контрагентом.
При организации электронного документооборота между хозяйствующими субъектами могут применяться виды электронных подписей в соответствии с Законом N 63-ФЗ.

При этом электронный документооборот с применением простой и (или) усиленной неквалифицированной электронной подписи может быть организован хозяйствующими субъектами при наличии между ними юридически действительного соглашения.
В целях подтверждения расходов по налогу на прибыль аутентичность электронного первичного документа, подписанного простой и (или) усиленной неквалифицированной электронной подписью, должна быть обеспечена наличием в соответствующем соглашении между контрагентами порядка проверки электронных подписей (Письмо ФНС России от 19.05.2016 N СД-4-3/8904)